El presupuesto tiene dos partes, correspondientes a los dos tratados comunitarios que comprende, el de las Comunidades Europeas y el de Euratom. Destacan las partidas destinadas a tecnologías de la sociedad de la información (3.600 millones de euros), a anticipación de las necesidades científicas de la UE (2.45 millones) y al área de recursos humanos (800 millones).

La cantidad global que se le asigna en la propuesta de presupuesto es de 17.500 millones de euros para todo el periodo (2002-2006). La primera parte del presupuesto aplica lo acordado en el Tratado de las Comunidades Europeas. En este apartado se incluyen las prioridades temáticas, a las que se destinarán 12.770 millones, más del 70% del presupuesto.

Estas prioridades son la genómica y la biotecnología, con ayudas por valor de 2.000 milloes, las tecnologías de la sociedad de la información (3.600 millones), las nanotecnologías, materiales inteligentes y nuevos métodos de producción (1.300), la aeronáutica y espacio(1.000), los riesgos sanitarios y la seguridad alimenticia (600), el desarrollo sostenible y el cambio global (1.700), los ciudadanos y la gobernación de la sociedad europea (225) y la anticipación de las necesidades tecnológicas y científicas de la UE, con 2.345 millones, de los cuales 700 irán al Centro Común de Investigación

Además, se subvencionará al Area de Investigación Europea con 3.050 millones, de los cuáles 300 se dedicarán a investigación e innovación, 1.800 a recursos humanos (incluyendo las becas), 900 a infraestructuras y 50 a ciencia y sociedad.

La aplicación del Tratado del Euratom forma la segunda parte del presupuesto, con una subvención global de 1.230 millones, que se emplearán en el tratamiento y almacenamiento de desperdicios (150 millones), la fusión termonuclear (700), las acciones Euratom del entro Común de Investigación (330), como las incluidas en el campo de la seguridad nuclear, y otras actuaciones de radioprotección, formación y similares (50).