La semFYC señala que esta reforma quiebra la unidad y continuidad de la atención al enfermo, ya que la baja forma parte del tratamiento médico en su vertiente de reposo y prevención de factores agravantes, como los medicamentos, la cirugía o los cuidados higiénicos.

Tambiém supone, a juicio de la sociedad, una vulneración del principo jurídico del secreto médico y desdobla la atención sanitaria de los trabajadores entre dos organismos, el Sistema Nacional de Salud y el Instituto Nacional de la Seguridad Social, "con los solapamientos y discrepancias previsibles".

Los médicos de familia admiten que el sistema actual de bajas laborales necesita cambios y reformas, pero siempre dentro del Sistema Nacional de Salud, "reforzando las relaciones entre los médicos de familia y la inspección técnica, utilizando como asesores cualificadoslos facultativos de empresa, agilizando las pruebas diagnósticas al paciente en baja y combatiendo de forma coordinada los casos fraudulentos".