Según el Gobierno los objetivos de la Agencia se centran en la evaluación de los medicamentos a través de un sistema de expertos y el establecimiento de normas y procedimientos que potencien el control de la calidad y seguridad de los medicamentos.

Además este organismo tratará de mejorar la competitividad de las distintas especialidades famacéuticas y adecuar la producción española a las exigencias comunitarias.

Por tanto, el control de calidad de los edicamentos es una competencia fundamental para cuya consecución se establecerán Unidades de Garantía de Calidad en cada una de las Consejerías de Salud de las Comunidades Autónomas que serán las encargadas de verificar las nomas de correcta fabricación de los medicamentos y la aplicación de la normativa vigente en las farmacias.