Esta institución, dependiente del Banco de España y que actua como "colchón" de cara a las crisis de los bancos, está integrada por todos los banco españoles, que aportan, desde 1995, el 2% de sus depósitos.

Concretamente, el coste del sanemiento de Banesto para esta institución fue de 192.541,4 millones de pesetas. Este coste resulta de la diferencia entre las ayudas de 326.000 millones que aportó el Fondo y los 133.458,6 millones de beneficios que obtuo posteriormente de la venta de sus acciones al Banco Santander.

El propio Fondo señala la crisis de Banesto como el principal acontecimiento para esta entidad durante el año 1994. De hecho, el coste de esta operación de saneamiento ha supuesto el desequilibrio de las cuentas de esta "uvi" bancaria que, un año antes había alcanzado el equilibrio patrimonial.

De hecho, a comienzos de 1994 el FGD presentaba un saldo patrimonial positivo de 30.030,7 millones, que se ha convertido en un déficit de 13 .355,8 millones a finales de 1994. Sin embargo, el Fondo asegura en la memoria que será capaz de absorber esta situación negativa "en los dos próximos ejercicios".

Por otra parte, la memoria de esta institución reconoce que existieron irregularidades en la venta de las sociedades Scipio, Teresa, Firena, Inmoleasing y Sol Capital, que eran propiedad del Fondo, en el contexto del denominado "Caso Ibercorp", como se puso de manifiesto durante los trabajos de la Comisión Parlamentaria que estudió el Caso ubio.