Durante los últimos años se está aplicando en el parque un plan de protección del lince que tiene tres objetivos: mejorar el hábitat, aumentar el número de conejos para que se puedan alimentar estos felinos y reducir s tasa de mortalidad.

Dentro de este plan está prevista la construción de varios pasos subterráneos en la carretera H-612, para posibilitar que los linces puedan atravesarla sin peligro y reducir así el alto índice de atropellos.

En la estación de Doñana también fue presentada recientemente una campaña destinada a concienciar a los ciudadanos sobre la necesidad de protección del línce ibérico, que actualmente se encuentra en peligro de extinción.