La iniciativa de este fondo fue formulada hace varios meses por el presidiente boliviano, Jaime Paz Zamora, y después de una reunión de cancillerres iberoamericanos, todos los países acordaron suscribir el acuerdo en la "cumbre" de Madrid.

El documento establece un marco para el desarrollo de los "Pueblos indígenas", expresión ue comprende a colectividades que descienden de poblaciones que habitaban tierras conquistadas en su día por los colonizadores y que "conservan sus propias instituciones sociales, económicas, culturales y políticas o parte de ellas", según consta en el artículo 1.

Las dos instituciones prinsipales serán la Asamblea General y el Consejo Directivo. La Asamblea General está compuesta por un representante de cada Estado iberoamericano más un delegado de cada Pueblo indígena acreditado por el gobierno del stado respectivo.

Este órgano sólo podrá tomar decisiones en las que estén de acuerdo todos los Estados afectados y obtengan el voto favorable de la mayoría de los delegados de los pueblos indígenas, y entre sus funciones destacan: aprobación de línea de trabajo y presupuesto propios (los fondos serán aportados por los Estados, organizaciones nacionales e internacionales y capital privado); elaborar proyectos indigenistas y pactar con Estados no miembros del Fondo Indígena.

La Asamblea General sereunirá una vez al año, por propia iniciativa y, extraordinariamente, será convocada por el llamado Consejo Directivo. Este órgano estará formado por nueve miembros, representantes de gobiernos y pueblos indígenas, a partes iguales, y sus decisiones sobre determinado país necesitarán del refrendo del Ejecutivo de ese país.