La organización ecologista ha identificado en el PHN 71 obras, excluyendo los trasvases, que impactarán muy negativamente sobre 82 Lugares de Interés Comunitario, afectando "gravemente" a 18 especies y 14 hábitats incluidos en la Red Natura 2000 de la UE.

Entre las especies y ecosistemas afectados se encuentran bosques de sauce y álamo blanco, peces como el calandio o la madrilla y el lince ibérico, sobre el que incidirán negativamente 25 obras recogidas en el plan hidrológico.

Según Alberto Fernández, responsable del Programa de Aguas de WWF/Adena, "el plan no presenta una evaluación ambiental estratégica, tal como exige la Comisión Europea, lo que puede traer problemas para su financiación con fondos europeos. Además, no afronta los retos de la recientemente aprobada Directiva Marco de Agua".

Para el WWF/Adena, el PHN es "un cúmulo de despropósitos ambietales y no cumple la principal función para la cual ha sido teóricamente concebido: servir como instrumento de planificación hidrológica a través del uso racional del agua y la preservación de los ecosistemas acuáticos".