De acuerdo con el reprsentante del ministerio público, a finales de diciembre de 1990 el procesado recibió una llamada del etarra Ormaetxea Antepara, "Martín", fallecido en agosto de 1991, que le citó para el día 2 de enero.

Ese día, "Martín" recogió con su coche a Balerdi Ibarguren en su domicilio y, tras recorrer unos metros con el vehículo, extrajo de una bolsa de deportes una metralleta y le instruyó sobre su manejo.

Poco después se dirigieron a una calle de San Sebastián por la que iba a pasar el gobernador militr. "Martín" entregó al ahora procesado la metralleta y un pasamontañas y esperaron a su objetivo.

Al cabo de unos 20 minutos vieron aproximarse el coche del militar, por lo que descendieron del vehículo, se pusieron el pasamontañas y dispararon ráfagas de metralleta hacia el interior del coche, que se había detenido debido al tráfico. El gobernador militar murió en el acto, mientras que Balerdi Ibarguren huyó dejando la metralleta en el vehículo de "Martín".