Según el ministerio fiscal, Zabarte Arregui, junto con un etarra apoddo "Rioja" y otros dos terroristas fallecidos -Juan Antonio Oiarbide Aramburu, "Txiribita", y Manuel Urionabarrenetxea Betanzos, "Manu"-, decidieron en la primera quincena de febrero de 1982 atentar contra la vida del guardia civil José Fragoso Martín, del que conocían el lugar de su residencia en San Sebastián, sus trayectos y horario de trabajo.

Para realizar esa acción, "Rioja" y los dos etarras fallecidos robaron un vehículo en Rentería, amenazando con armas de fuego a su propietario, a quien uno e los procesados retuvo durante cuatro horas

Mientras, los otros dos miembros del "comando Donosti" recogieron a Zabarte Arregui y se dirigieron en el coche robado a un lugar próximo a donde trabajaba el guardia civil, en el barrio Larzábal de San Sebastián. Le esperaron a que saliera del trabajo y le dispararon tres tiros en la cabeza, provocándole la muerte, según el fiscal.

Por su parte, la defensa de Zabarte Arregui -que abandonó la sala de vistas pocos minutos después del inicio del juicio- idió la libre absolución de su patrocinado.