Perote fue condenado a 7 años de prisión por un delito de revelación de secretos relativos a la seguridad nacional e ingresó inmediatamente n prisión para cumplir su condena.

No obstante, el ex miembro del Cesid había permanecido un tiempo en prisión preventiva, por lo que, apenas unas semanas después de ingresar de nuevo en prisión, accedió al tercer grado penitenciario.

La dirección de la prisión militar de Alcalá de Henares (Madrid) comunicó que Perote cumpliría la mitad de la condena el 28 de diciembre de 1999, pero, que de acuerdo con las redenciones aprobadas por la Administración Penitenciaria, la condena quedó cumplida el 27 e mayo de 1998, fecha en la que accedió al tercer grado.

El fiscal jurídico-militar mostró su desacuerdo con este beneficio penitenciario y recurrió la decisión del juez de vigilancia penitenciaria de Alcalá de Henares. Ahora, el tribunal zanja definitivamente la polémica, por lo que Perote no volverá a ingresar en prisión, si bien se mantendrá en tercer grado hasta diciembre de 1999.