La primera vez en que actuó contra el criterio mayoritario de su grupo fue el pasado 3 de noviembre, época en la que su compañero Baltasar Garzó, también fichado como independiente por el PSOE, ya había regresado a la Audiencia Nacional, tras su paso por la política.

Perez Mariño mostró entonces de manera clara su disidencia y rompió la disciplina del grupo, al votar en blanco las candidaturas del Consejo General del Poder Judicial y del Consejo de RTVE, por considerar que el proceso seguido para cubrir las vacantes institucionales no había sido ni transparente ni democrático.

Poco después, en el mes de diciembre, volvió a votar de formadiferente a la de sus compañeros de grupo, que no apoyaban una proposición de ley de Izquierda Unida que pretendía despenalizar la insumisión. Sin embargo, cuando el ex juez tuvo que pronunciarse sobre este asunto, optó por la abstención frente al voto en contra del Grupo Socialista.

Sin embargo, la primera divergencia entre el ex juez y el Grupo Socialista se remonta al Debate del Estado de la Nación del pasado año, celebrado en el mes de marzo. Junto al entonces diputado Baltasar Garzón amenazó con omper la disciplina de voto para defender que la comisión de investigación de la financiación de los partidos políticos pudiera extraer responsabilidades políticas y no fuera una mera comisión de estudio, como inicialmente queria el PSOE. Finalmente, triunfaron las tesis de los ex jueces y el Grupo Socialista tuvo que rectificar sus pretensiones.

Todas estas divergencias le llevaron el pasado 29 de diciembre a no actuar como portavoz socialista de la Comisión de Justicia e Interior en la sesión en la ue los diputados decidieron la comparecencia del ministro Juan Alberto Belloch para informar sobre el 'caso GAL'. El ex juez alegó que no compartía los criterios que había acordado exponer su grupo.

A pesar de ello, Perez Mariño fue confirmado el pasado 9 de enero como portavoz del Grupo Socialista en la Comisión de Justicia del Congreso, recibiendo el apoyo unánime de sus compañeros. Sin embargo, en esa reunión no estuvieron presentes algunos diputados que habían criticado sus intervenciones.

Un semana después, Ventura Perez Mariño aseguró que no tenía intención de abandonar su escaño y confirmó haber pedido una entrevista con Felipe González para intercambiar puntos de vista sobre la actual situación política y la estrategia que debe seguir el grupo parlamentario del PSOE.

Su última actuación polémica se produjo ayer, al ser el único diputado del Grupo Socialista que no aplaudió el discurso de Felipe González en el Debate del Estado de la Nación. Además, durante la intervención del presidene del Gobierno mantuvo conversaciones con su compañero de escaño, Jose Luis Rodríguez Zapatero.