En el procedimiento de codecisión en segunda lectura, el ponente, Bernd Lange (PSE,D), critió la introducción de dos etapas para la reducción de los valores máximos de NOx y defendió un límite único para el período.

En nombre de la Comisión, el comisario Erkki Liikanen se mostró escéptico con los plazos propuestos por la comisión parlamentaria, que establece como fecha límite para realizar las reformas el año 2006. Según Liikanen, "sería difícil apoyar una fecha anterior al 2008".

Diputados socialistas, de Izquierda Unida, de los Verdes y algunos del Partido Popular defendieron las enmindas de la Comisión de Medio Ambiente, que establece unos límites ambiciosos para la emisión de estos gases.