El Europarlamento debatirá también varias enmiendas no vinculantes para aumentar la responsabilidad de la agencia en sus labores de inspección y control de la pesca en aguas no sólo comunitarias, sino también de terceros países con los que la Unión Europea haya celebrado acuerdos de pesca.

La misión principal de la agencia será coordinar las actividades de inspección para asegurar que se cumplen las normas de la política pesquera común (PPC).

Uno de los objetivos fundamentales de la agencia es contribuir a la lucha contra la pesca ilegal y contra la pesca no declarada, por lo que su acción abarcará tanto el control en tierra de los productos obtenidos en aguas comunitarias como en aguas no comunitarias cuando exista cooperación bilateral.