El texto regulae impone límites en los vertidos a cauces fluviales y al mar y prevé medidas para reducir la contaminación en aquellos zonas que ya presentan problemas.

Las medidas de control de la contaminación plantean un programa de actuación supranacional, ya que ni los cauces fluviales ni el mar "conocen fronteras".

La directiva establece la posibilidad de designar "áreas protegidas", en las que se pueden implantar medidas especiales de protección, para reducir el riesgo de contaminación.