Según la versión oficial, el recluta falleció entre la noche del martes 21 y miércoles 22, informándose a los padres el mismo día 22, mientras que fuentes cercanas del Hospital de San Carlos de la Armada en San Fernando, citadas por el Periódico "Bahía de Cádiz", Francisco Rubio murió el lunes 20 de julio.

En el informe oficial tampoco quedan claro las causas ficiales de la muerte. Según declaró el padre del joven fallecido, el Centro de Instrucción de Marinería de San Fernando informó a la familia de que su hijo había sufrido un accidente.

Una vez en el hospital, los médicos informaron que el motivo de la muerte del Francisco Javier Rubio fue una sobredosis de droga, diagnóstico con el que los padres no están de acuerdo al declarar que su hijo no había consumido nunca drogas.

Asimismo, el informe médico no especifica a qué se deben los signos de golps que se presentan en la cabeza del joven, por lo que lo padres de Francisco Javier Rubio quieren que los médicos realicen una nueva autopsia para esclarecer las causas y el día de la muerte de Francisco Javier Rubio.