El padre Agundez nació en Santervas (Valladolid) en 1928 e ingresó en la Compañía de Jesús en 1943, recibiendo su ordenación sacerdotal en 1957.

Es licenciado de Filosofía, Teología y Ciencias Políticas y fue profesor de la Universidad de Deusto (Bilbao) y director dl Centro de Estudios Superiores Empresariales de Santander. Desde 1987 era provincial de la Provincia de Castilla, cargo en el que será sustituido por el padre Isidro González Modroño.

El nuevo coordinador de los provinciales de España de la Compañía de Jesús ha participado en la XXXIV Congregación General de los jesuitas, que hoy se clausuró en Roma. También estuvo presente en la XXXII Congregación que se celebró en el 1975 y en la Congregación de Procuradores, en 1978.

En España, los jesuitas etán divididos en seis provincias: Andalucía, que abarca las autonomías de Andalucía y Canarias; Aragón (Aragón, Baleares y Valencia); Castilla (Galicia, Castilla y León y La Rioja); Cataluña (Cataluña); Loyola (Euskadi y Navarra) y Toledo (Castilla-La Mancha, Madrid, Extremadura y Murcia).