La causa más grave en la que Otegi está imputado es la que se sigue en la Audiencia Nacional sobre Batasuna, también conocido como proceso de las herriko tabernas. Está imputado junto a otras 39 personas como presunto dirigente de organización terrorista.

Éste es el delito por el que podría recibir una condena más alta, de entre 8 y 14 años. Además, tiene otras dos causas pendiente por enaltecimiento del terrorismo y una más, que se verá en el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco, por desobediencia al reunirse con lehendakari en nombre de una formación ilegalizada.

La Asociación Víctimas del Terrorismo, Foro Ermua y Dignidad y Justicia le imputan en varios de estos procesos y exigen que se le haga un seguimiento tras su salida de prisión para evitar una eventual huida.

Por su parte, el líder de Aralar, Patxi Zabaleta, ha instado a Otegi a pedir el fin de ETA cuando salga de la cárcel. A su juicio, "toda la izquierda abertzale" debe dar ese paso porque, "mientras no se dé ese paso, estaremos en una situación incompleta" para la "normalizacion política del Estado español".