Aunque desde que se constató su desaparición se ha especulado con la posibilidad de que Otegi se hubiera refugiado elCuba, la única información que han podido verificar los investigadores policiales es que no se encuentra en territorio español.

Otegi desapareció en julio de 1997. Cuando el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco decidió dictar orden para retirarle el pasaporte y e impedirle abandonar el país, ya era demasiado tarde.