La exposición presenta algunos de los desafíos más importantes a los que se enfrenta la Humanidad en este cambio de milenio. "Los Retos del Tercer Milenio" se presenta como una exposición interactiva donde el visitante podrá manipular una serie de elementos que le permitirán, entre otras cosas, escuchar amplificado el sonido de su corazón, visulizar el genoma humano, percibir los sonido del espacio exterior, votar sobre asuntos de relevancia social y medioambiental en un "parlamento mundial", etc.

La muestra tiene siete apartados: "Pórtico introductorio", "El individuo", "La sociedad", "El planeta", "La energía", "Las fronteras del conocimiento" y "El reto eres tú".

Además, se ha editado un periódico-guía con el mismo nombre que la exposición, que ofrece información complementaria sobre todos los temas tratados en la muestra. Igualmente, se ha organizado un taller escolar, por l que pasarán más de 2.000 alumnos.