Según informa el Gobierno, el decreto establece, además del cambio de denominación, los fines y funciones del museo, así como sus órganos rectores, que serán el patronato y la dirección.

El patronato estará presidido por el Ministro de Cultura y contará como vocales natos, con el presidente y el consejero de Cultura, Juventud y Deportes de la Comunidad Autónoma de Murcia; la alcaldesa y el presidente de la Autoridad Portuaria de Cartagena, así como con representantes de los Ministerios de Cultura, Asuntos Exteriores, Defensa, Interior, y Ciencia e Innovación.

Además, el ministro podrá designar hasta siete vocales "entre personas de reconocido prestigio y competencia en asuntos relacionados con el patrimonio subacuático".

Este Patronato tendrá entre sus funciones, la de informar el nombramiento del director del Museo, en cumplimiento del Plan de Modernización de las Instituciones Culturales.

El origen histórico de este museo está en la creación en 1970 del Patronato de Excavaciones Arqueológicas Submarinas. Posteriormente, en 1980 se creó el Museo y Centro Nacional de Investigaciones Arqueológicas Submarinas en Cartagena. En 1983 el Museo cambió su denominación por la de Museo Nacional de Arqueología Marítima.

El museo renovado ocupa en Cartagena un nuevo edificio construido por el Ministerio de Cultura, con una inversión total de 18.675.537 euros.