Sin embargo, surgió un problema: un manantial de agua en el suelo de la cripta. Este inconveniente quedó solucionado en el reinado de Felipe IV (1605-1665), que aceptó la fórmula que ofreció el vicario fray Nicolás de Madrid, de modo que las obras se reanudaron en noviembre de 1645. El panteón fue inaugurado el 16 de marzo e 1654.

Desde entonces, todos los reyes de España desde Carlos I, con sus respectivas esposas (que fueran madres de reyes), excepto Isabel de Borbón con Felipe V, están enterrados en él.

Los restos de Felipe V (1683-1746) y su segunda mujer, Isabel de Farnesio, reposan en la Colegiata de la Granja, en tanto que Fernando VI (1713-1759) está en las Salesas Reales de Madrid, junto a su esposa, Bárbara de Braganza.

Construido bajo el altar mayor de la basílica, el panteón está recubierto de mármles. Dispone de una planta octogonal y en cada ochava hay cuatro tumbas, más dos sobre la puerta de entrada, hasta un total de 26 urnas. A la izquierda se sitúan los reyes y a la derecha las reinas.

El altar es de mármol verde de Génova con adornos y relieves de bronce dorado en el frontal, representando el "Entierro de Cristo", obra de Fray Eugenio de la Cruz y Fray Juan de la Concepción. Sobre la mesa figuran dos columnas también de mármol verde y en el intercolumnio, sobre el altar, dispone de un gan curcifijo de bronce, de Domenico Guidi, con una cruz de mármol negro de Vizcaya.

PANTEON DE LOS INFANTES

Descendiendo hacia la cripta por el primer rellano y tras bajar luego a la izquierda, nada más entrar, figura una inscripción en latín que dice quién y por qué se hizo ese panteón: Mandado construir por Isabel II para "honrar el augusto parentesco y descendencia de los Reyes, e inhumar los restos de las Reinas consortes que mueren sin hijos Príncipes, y de los Príncipes e Infantes".

Fue u proyecto de José Segundo de Lerma (1862) y lo terminaron en 1886 bajo la regencia de la Reina María Cristina de Habsburgo Lorena.

Tiene nueve cámaras sepulcrales: cinco debajo de la sacristía, una bajo de la Celda Prioral y tres debajo de la Salas Capitulares. Los muros están revestidos de mármol blanco de Carrara y Florencia, mientras que los pavimentos son de mármoles grises y blancos de Brodiglio y Carrara. Todas las cámaras cuentan con un altar mayor.

El escultor madrileño Ponciano Ponzano mdeló los heraldos y las esculturas y adornos fueron trabajadas en Carrara en mármol de esa localidad italiana por el escultor Jacobo Bartta di Leopoldo.

Los sepulcros más notables son: en la primera capilla, los correspondientes a la infanta Luisa Carlota de Borbón, hija de los reyes de las dos Sicilias (1804-1844), con una obra orante de la infanta hecha por Ponzano, cuyo sepulcro es de mármol blanco de Carrara; los duques de Montpensier: infanta Luisa Fernanda, hermana de Isabel II (1832-1897) y su sposo Antonio de Orleans, y los dos de sus hijas (Cristina y Amalia).

En la cámara cuarta está la tumba de la Infanta María Teresa de Borbón, hermana de Alfonso XIII, según planos del arquitecto Landecho, construida con mármoles oscuros y bronces dorados.

El sepulcro de don Juan de Austria, hijo natural de Carlos I, se encuentra en la quinta capilla, ocupando el centro. Sobre la tumba yace su estatua, vestida con armadura de guerra y con la espada entre las manos. La modeló Ponzano y fue ejecutad por el italiano Giuseppe Galleoti, toda ella sobre mármol de Carrara.

En la sexta cámara está el mausoleo de los infantes niños o rotonda poligonal de 20 lados, en mármol blanco sobre zócalos de mármol oscuro, que suman 60 nichos en total.