En una entrevista concedida a la revista de pensamiento político "Prometeo", Mosquera apunta que no cree que un referéndum por la independencia pudiera resolver el conflicto vasco, porque "dudo mucho que el nacionalismo radical aceptara el resultado".

Señaló que, en el caso de que se llegara a esa iniciativa, pediría un referéndumpara cada provincia y preguntaría a los alaveses si desean continuar en Euskadi o formar una comunidad foral como Navarra.

Adujo también que UA siempre ha dicho que es lícito y normal que los habitantes de Treviño (enclave burgalés situado en la provincia de Alava) hagan una consulta popular para decidir dónde quieren estar, por lo que "con más motivo los alaveses en relación a la Euskadi nacionalista".

Asimismo, opinó que "la colaboración EH-PNV no podrá mantener nunca un Gobierno con perfil demcrático mientras EH no se descuelgue condenando el terrorismo o la utilización de la violencia con fines políticos". Añadió que tras las elecciones municipales, el PNV sólo tendrá dos caminos: "o elige coalición con un partido constitucionalista, o tendrá que disolver el Parlamento vasco y convocar nuevas elecciones".

Mosquera lamentó que "ETA actúa como si fuera la autoridad competente. Puntúa y califica a los partidos políticos vascos para que no quede ninguna duda de que son los terroristas los quemandan".