El ministerio mantiene, no obstante, que en el caso de las aguas subterráneas, "su control tiene una especial dificultad, dado que se extienden por un territorio muy amplio, en forma de pequeñas explotaciones independientes"

El acuífero Almonte-Marismas, por ejemplo, ocupa una extensión superior a los dos kilómetros cuadrados e incluye, de forma total o parcial, a dieciocho municipios.

Ante esta situación, la Confederación Hidrográfica del Guadalquivir, encargada dela gestión hidráulica del parque nacional, ha ampliado de dos a cinco el número de miembros del personal de guardería encargados del control de los pozos que extraen aguas subterráneas, de su caudal y de la superficie que riegan.

Estos vigilantes también denuncian las acciones contrarias a las leyes de aguas de Doñana que se realizan en los cursos fluviales.

Asimismo, colaboran en la elaboración de convenios de riego y comunidades de regantes y vigilan la calidad y cantidad de las aguas subterránas por medio de muestreos y aforos.