El IEO es un organismo público de investigación (OPI) dependiente del Ministerio de Educación y Ciencia, que tiene como cometido la investigación científica y tecnológica en oceanografía y ciencias del mar, abarcando desde la investigación básica hasta el apoyo tecnológico.

Además, el IEO tiene entre sus fines el asesoramiento científico y tecnológico a las administraciones en asuntos oceanográficos y representa a España desde el punto de vista científico en la mayoría de los organismos internacionales relacionados con la oceanografía y la pesca.