El trabajo consiste en limpiar las basuras del citado río y repoblar con vegetación de ribera las áreas metropolitanas como "primera medida" de protección de estas zonas acuáticas.

Las citadas fuentes precisaron que las investigaciones permitirán conocer el estado de conservación de un "curso fluvial típico de la sierra madrileña, determinar los factores que afectan a las poblaciones de trucha atóctona y sugerir directrices de gestión piscícola adecuadas".

La AEMS revela la "prioridad que tiene la recuperación de una cuenca fluvial sobre la gestión piscícola" y considera que la conservación del río Madarquillos se alcanza con la "depuración de las aguas residuales de los pueblos serranos, restauración de aquellos tramos afectados por las obras de la autovía de Burgos, supresión de las extracciones ilegales de agua y recuperación de la vegetación de ribera".

Los resultados de esta investgación en el río Madarquillos facilitarán las futuras labores de estudio sobre la calidad de las aguas en el resto de los rios de la región.

Estos trabajos de restauración de los ríos suponen la puesta en práctica de un programa teórico de la AEMS sobre "la realización de proyectos basados en la descripción de las variables ambientales de los rios y de sus entornos", conocido como "adopta un río" y que recibió el II Premio Pesca y Conservación, otorgado por una revista especializada.

Este program explica que la evaluación de los datos sirve para descubrir qué factores inciden negativamente en la calidad natural del río y que es necesario restaurar las zonas bajas de los ríos con 'bosque de ribera' porque son "los tramos más afectados". Además, propone la "plantación de chopos en las partes llanas de los valles para servir de zonas de vertidos de las aguas residuales".