Los innumerables intereses en juego hacen imposible prever la aplicación de este tratado, que ha levantado enconados enfrentamientos por dos cuestiones: la transferencia de tecnología de los países ricos, en manos del sector privado, a los pobres; y la gestión de los fondos que se destinarán para conservar la biodiversidad del mundo.

El texto del tratado, cuyo objetivo inicial era el de aseguar la conservación y el uso sostenible de la biodiversidad, reconoce por primera vez a los países poseedores de recursos genéticos vegetales y animales su derecho sobre éstos y, por tanto, a que los países ricos que los explotan paguen por ellos.

Un artículo publicado en la revista norteamericana "Seedling", poco después de que Estados Unidos anunciara que suscribiría el Tratado, mantiene que la redacción del texto permite que "con el arma de la interpretación, los países industrializados tratan de trnsformar la Convención sobre Biodiversidad en un convención sobre comercio de Biotecnología".

"Seedling" explica que el Tratado sobre Biodiversidad, que obliga a los gobiernos a facilitar la transferencia de tecnología a los países que donan sus recursos, ha tenido en contra desde su inicio a las industrias químicas, farmaceúticas, y sectores de investigación y tecnología en biotecnología de los países industrializados, que están en manos privadas.

Tanto en Estados Unidos, como en Europa, concretmente en Suiza, donde se encuentran la mayoría de las industrias químicas, estas industrias se han opuesto a la transferencia de tecnología por considerar que podrían convertirlas en "rehenes" de los países del Sur y porque "temen que la información técnica que habrían de ofrecer a los países en desarrollo sería vendida a sus competidores directos en los países industrializados".

Además, están en contra porque la convención se basa en un presupuesto político erróneo, la participación del Estado en negciaciones que competen al sector privado. Por ello, Estados Unidos ha querido dejar claro que no puede obligar al sector privado de su país, ni a las universidades, a cumplir con las normas del tratado y que la colaboración de su industria sólo puede ser voluntaria.

Igualmente, otra cuestión todavía no resuelta se refiere a los fondos adicionales, que tendrán que aportar principalmente los países industrializados para conservar la biodiversidad del mundo, quién y cómo se gestionarán.

El Tratado cmpromete a los países desarrollados a dar el 0,7 por ciento del PIB a partir del año 2.000, pero sin plazos. Además, está sin decidir quién gestionará los recursos, ya que Estados Unidos defiende que sea un organismo como el GAF (Global Environment Facility), cuyas reglas son dictadas por los países industrializados, y no otro dependiente de los 160 países signatarios.

Respecto al uso de esos fondos, los países de la Comunidad Europea defienden que se empleen para facilitar la transferencia de derecho de propiedad intelectual sobre investigaciones, propiedad de los países desarrollados, a los países del Sur, con lo que se emplearían en pagar unas licencias y no en proyectos para conservar realmente la biodiversidad.