España es el país europeo con mayor número de ecosistemas de aguas poco profundas, incluyendo algunos únicos en la Europa Occidental.

Según el último inventario, elaborado por la Dirección General de Obras Hidráulicas 1991, hay unos 1.400 ambientes acuáticos, exceptuando los ros, cursos de agua y embalses. Esta riqueza de ecosistemas conlleva también una gran variedad de usos tradicionales que han explotado sus recursos.

La gran mayoría de estos espacios se encuentran en el interior (el 92%), aunque en superficie no llegan al 14% del total. Ello se debe a que existe un pequeño número de humedales costeros muy extensos que ocupan el 86% de la superficie total, entre los que seis destacan por su gran extensión: las Marismas del Guadalquivir, la Bahía de Cádiz, el Delta del Ero, el Mar Menor, La Albufera de Valencia y los Aiguamolls de L'Emporda.

Entre los humedales interiores hay que destacar por su abundancia los de agua dulce (46%) y los de montaña (32%), cuyas superficies suponen el 2% y el 4%, respectivamente.