Asimismo, el magistrado ha rechazado decretar el sobreseimiento del caso, como le habían solicitado once pesonas, así como archivar la investigación, como le habían pedido otras tres partes personadas en el sumario.

Este caso llegó a la Audiencia Nacional a raíz de la denuncia presentada por la vicepresidenta de la Comisión Europea y ex ministra de Agricultura, Loyola de Palacio, sobre el supuesto fraude generalizado que, según la Fiscalía Anticorrupción, hubo en el reparto de las ayudas que concedió la Unión Europea al cultivo del lino en la campaña de 1999.

La denuncia de Loyola de Palacio se apoyab en gran parte en el informe que la Fiscalía Anticorrupción redactó a instancias de la Unidad de Control y Lucha Antifraude de la Comunidad Europea (UCLAF).

Fue la UCLAF la que instó al departamento dirigido por Carlos Jiménez Villarejo a abrir diligencias informativas, con el fin de comprobar si existía delito en el cobro de dichas ayudas.