En un escrit remitido al CGPJ, Gómez de Liaño argumenta: "Una cosa es el empleo o cargo (el destino), que es lo que dice la sentencia que me condena, y otra, muy diferente, la condición" de magistrado. A su juicio, ni se le dio de baja en el escalafón ni se ejecutó su separación de la carrera jusicial.

En esta línea, Gómez de Liaño insiste en que pide el "reintegro", y no el reingreso, en la carrera judicial. Para el magistrado, este matiz es importante, porque, a su juicio, se le ha de dar lo que siempre ha sidosuyo, en definitiva, restituirle, aunque en un destino diferente al que ocupó.

Para Gómez de Liaño, "la ley dice lo que dice" y no respetarla es un "atentado" contra la Constitución y contra "el más elemental principio de legalidad penal".

Gómez de Liaño explica que la petición se basa en el indulto que le concedió el Gobierno el 1 de diciembre del año 2000 y que desembocó en un conflicto entre el Tribunal Supremo y el gabinete de José María Aznar.

El litigio comenzó cuando el pleno jurisdicional de la Sala de lo Penal del Alto Tribunal decidió rechazar el requerimiento del Ministerio de Justicia para reingresar en la carrera judicial a Javier Gómez de Liaño, tal y como dictaba el indulto que le otorgó el Ejecutivo de José María Aznar.

Tras la concesión del indulto, los magistrados del Supremo encargados del "caso Liaño" dieron por cumplida la pena de quince años de inhabilitación, pero se negaron a reingresarle en la carrera judicial de manera inmediata, por considerar que al Gobierno n le compete tomar esta decisión. El Ejecutivo respondió iniciando el contencioso que ahora ha resuelto el Tribunal de Conflictos.

Cuatro meses después, el Tribunal de Conflictos puso fin al litigio, dando la razón al equipo de José María Aznar y afirmando que "la competencia para la determinación del alcance del indulto en cuanto a la pena ejecutada corresponde al Gobierno", mientras que "las cuestiones relativas al reintegro de Gómez de Liaño en la carrera judicial competen al Consejo General del Podr Judicial".

Es decir, que el Gobierno tiene competencias para conceder un indulto como el que otorgó en su día a Gómez de Liaño, reintegrándole en la carrera judicial, aunque con la prohibición de ejercer en la Audiencia Nacional por un periodo de 25 años. No obstante, deberá ser el Consejo General del Poder Judicial quien establezca la fecha de reingreso del mencionado juez.

El artículo 380 de la Ley Orgánica del Poder Judicial establece que "quienes hubieren perdido la condición de juez o magitrado [...] podrán solicitar al CGPJ su rehabilitación, una vez obtenida la establecida en el Código Penal", según el cual la cancelación de los antecedentes penales se produce al cabo de cinco años para los casos de delitos graves, como es el caso de Gómez de Liaño.