El Alto Tribunal sólo ha aceptado declarar nconstitucional dos incisos muy concretos de la ley. El primero, incluido en el artículo 5.1., porque deja abierta de manera ilegal la posibilidad de que la Administración cambie el sentido de la ley al establecer que toda actuación sobre un embrión podrá ser "de conformidad con las disposiciones normativas vigentes".

El segundo inciso que ha sido considerado inconstitucional está recogido en el artículo 9.1., y establece que las sanciones se aplicarán "con las adaptaciones que requiera la materia". El Constitucional ha hecho caso de la queja del PP de que esa frase deja en la más completa indeterminación el régimen sancionador que el legislador ha pretendido imponer en esta ley.

El actual presidente del Congreso, Federico Trillo, promovió en 1989 este recurso de inconstitucionalidad en su calidad de portavoz de justicia del Grupo Popular, con la firma de 78 diputados del PP.

Las principales alegaciones que planteaba el recurso eran que la ley 42/1988 "quebranta la protección constitucionlmente exigible de la vida humana", no respeta la reserva de la ley orgánica establecida en distintos preceptos constitucionales y vulnera la seguridad jurídica.

El magistrado del tribunal José Gabaldón ha presentado un voto particular a la sentencia, por entender que no se puede declarar constitucional la mayor parte de una ley que conculca la vida del "nasciturus", protegido por el artículo 15 de la Constitución.