Fuentes municipales de Andoain explicaron a Servimedia que en 2003, tras el asesinato en este municipio de Joseba Pagazaurtundua, el PSE planteó presentar una moción de censura contra Barandiarán por no condenar este asesinato.

Las fuentes consultadas explicaron que esta moción de censura finalmente no fue posible debido a que los máximos dirigentes del PNV se opusieron a esta medida, a pesar de la posición al respecto de los ediles peneuvistas en Andoain.

En concreto, Imaz, que entonces era portavoz del Gobierno vasco, aseguró que para relevar a Barandiarán era mejor esperar a las elecciones municipales del 25 de mayo de 2003. En su opinión, en estos comicios los ciudadanos podrían expresar "una auténtica moción de censura contra quienes no tienen claros los principios del derecho a la vida".

Frente a esta posición del representante del Ejecutivo vasco, el entonces portavoz del PNV en Andoain, Mikel Arregi, dijo que su partido no daba "ni por cerrada ni por abierta" la posibilidad de censurar al alcalde de EH.

Finalmente esta moción de censura no se llevó a cabo, de forma que Barandiarán sólo dejó la Alcaldía cuando su partido, debido a la ilegalización de Batasuna, no pudo presentarse a los comicios de 2003. Los resultados de esta cita con las urnas permitieron un pacto entre PSE y PP, que permitió elegir a un alcalde socialista.