El nombramiento, a propuesta del obispo presidente de la Comisión de Migraciones, José Sánchez, tuvo lugar en la última Asamblea Plenaria del Episcopado.

José Luis Pinilla sustituye en el cargo a Pilar Samanes. La pastoral de esta comisión es la "movilidad" y se divide en seis departamentos: pastoral de la carretera, de ferias y circos, gitana, del mar, de la emigración, y de la inmigración (con la sección de refugio).

El religioso jesuita se ocupaba, desde 1998, de la coordinación de las parroquias Jesuitas en la Provincia de Castilla y en España.

En su trabajo relacionado con la inmigración, es director de proyectos como API (Apoyo Integral a Inmigrantes sin Techo) y Acogida Valvanera.