Ochoa consiguió en los Juegos Paralímpicos de Atenas 2004 la medalla de oro de la combinada de carretera (contrarreloj más ruta) y la de plata en la persecución en pista. En Pekín, el ciclista vizcaíno buscará la medalla en cinco pruebas: kilómetro, persecución y velocidad por equipos (pista), y contrarreloj y ruta (carretera).

Este ciclista sufrió un daño cerebral después de ser arrollado por un automóvil en 2001 mientras se entrenaba en una carretera de Málaga junto a su hermano gemelo Ricardo, que murió en el acto.

Después del accidente, Javier Ochoa permaneció más de dos meses en coma y, aunque los médicos dudaron de si volvería a andar, logró recuperarse y regresar al mundo de la competición.

De esta forma, Ochoa se reencontró con la bicicleta en la Reunión Paralímpica de Basauri (Vizcaya) de 2003 y después se proclamó subcampeón de España en un campeonato disputado en Los Corrales de Buelna (Cantabria).

Posteriormente, debutó internacionalmente dentro del deporte adaptado con el Campeonato de Europa que se celebró en Praga y Teplice (República Checa) en 2003, donde fue la revelación del equipo español al lograr cuatro medallas: oro en la contrarreloj individual y en la prueba de fondo en carretera, plata en la persecución y bronce en el kilómetro.

El palmarés de Javier Ochoa siguió creciendo con dos medallas en las dos pruebas que hizo en los Juegos Paralímpicos de Atenas 2004: oro en la combinada de carretera (contrarreloj individual más fondo) y plata en la persecución en pista.

Posteriormente, subió al podio en cuatro ocasiones durante el Campeonato de Europa celebrado en Alkmaar (Holanda) en 2005, con la medalla de oro en la contrarreloj y las de plata en el kilómetro, la persecución y la de fondo en carretera.

Durante los dos últimos campeonatos del mundo, Ochoa ha mantenido el mismo nivel de éxitos que en las competiciones anteriores. Así, en el celebrado en Aigle (Suiza) en 2006 fue campeón en las dos pruebas de carretera (contrarreloj y fondo) y subcampeón en las tres de pista (kilómetro, persecución yvelocidad por equipos).

Y en el Mundial de Burdeos (Francia) del año pasado, Ochoa se proclamó campeón en la contrarreloj, subcampeón en la persecución y en el fondo, y obtuvo la medalla de bronce en el kilómetro.

Su trayectoria fue reconocida con una nominación al Mejor Deportista con Discapacidad de los Premios Laureus de 2007, galardones considerados como los "óscars" del deporte, y se convirtió entonces en el primer deportista paralímpico español en ser candidato a la condecoración, que finalmente recayó en el esquiador austríaco con discapacidad física MartinBraxenthaler.