La queja se presentó en 1992 por presunta infracción de las directivas europeas de impacto ambiental y de conservación de las aves silvestres. Dos años más tarde, la Comisión decidió archivarla y se limitó a hacer una serie de recomendaciones sobre el proyecto de contrucción que incluían la elaboración de un estudio de impacto ambiental de la presa y el Canal de Navarra y la reconsideración de la altura de la presa.

Greenpeace y laCoordinadora de Itoiz han pedido al Defensor del Pueblo Europeo que abra una investigación sobre el caso, por entender que la Comisión archivó la queja sin atender ni contestar a los motivos de impugnación del proyecto.

Según la organización ecologista, el archivo de la queja puede suponer una vulneración grave del Derecho comunitario y deja a los denunciantes "en total desamparo frente a dicha vulneración".

Además, acusa al Gobierno de incumplir las recomendaciones que dictó la propia Comisión Eropea en relación a la presa de Itoiz, cuyo proyecto de construcción fue declarado ilegal por la Audiencia Nacional.