El acuerdo tiene como finalidad utilizar los recursos especiales del Instituto Carlos III e integrarlos con las unidades acreditadas para docencia de postgrado del Hospital Clínico San Carlos. Este nuevo concepto de colaboración se ha denominado "hospital asociado" o "unidad aociada".

Asimismo, se ha formalizado la integración docente de los servicios de endocrinología de ambos centros con el fin de mejorar la formación de estos especialistas.