También es misión del observatorio asesorar al Ministerio de Agricultura y coordinar las relaciones de éste con los diversos sectores afectados.

Está compuesto por representantes de las tres administraciones -central, autonómicas y locales-, de la empresa nacional Mercasa y de las organizacions de productores, distribuidores y consumidores. Forman parte del mismo conocidas organizaciones agrarias, como Asaja, Coag o UPA, así como cofradías de pescadores.