Juan Hormaechea ha sido condenado a 6 años y un día de prisión y 14 años de inhabilitación por los delitos de malversación de fondos públicos y prevaricación. Además, tres miembros de suprimer equipo de Gobierno, Roberto Bedoya (que fue vicepresidente), David Puebla (ex consejero de Economía) y osé Parra (que ocupó la Consejería de Obras Públicas), han sido condenado a 7 años de inhabilitación cada uno por un delito de prevariación.

Sin embargo, el tribunal solicitará que la pena de 6 años de prisión impuesta a Juan Hormaechea sea conmutada por otra de un año de cárcel, al considerar que la pena que contempla el Código Penal para el delito que se atribuye al presidente cántabro es excesiva.

El jefe del Ejecutivo cántabro y nueve miembros de su primer Gobierno fueron juzgados, entre otra cosas, por la adjudicación de obras de la Diputación Regional a la empresa Oyprocansa, por un presunto trato de favor al excluir una parcela propiedad del cuñado de Hormaechea de una zona declarada bien de interés cultural y por adjudicar varios estudios a la empresa Cantel.