Al sepelio, que se celebró entre un clima de indignación contenida y aplausos a la salida del féretro, no asistió, como en un primer momento se esperaba, el ministro del Interior, Antoni Asunción. En su lugar acudió Baltasar Garzón, además del director general de la Guardia Civil, Ferrán Cardenal (quienes llegaron tarde por problemas en el tráfico aereo), así como los gobernadores civiles d las tres provincias vascas.

Durante la homilía, el parroco de la iglesia de San José hizo refencia al dolor que ha provocado este atentado y apeló a la serenidad. "A la dinámica del terror debe responderse obligatoriamente con firmeza y justicia, lo cual no es pagar la violencia con la violencia", afirmó.

Los restos mortales de Benigno Villalobos fueron posteriormente trasladados hasta Cerezal del Condado, en la provincia de León, pueblo natal de sus padres, donde será enterrado. El guardia civi nació en la localidad vizcaína de Lemoniz.

A la salida del templo, el delegado del Gobierno en el Plan Nacional sobre Drogas, Garzón, confirmó que no existe ninguna relación entre las dos detenciones practicadas la pasada madrugada en el País Vasco con el asesinato del guardia civil. Asimismo, se negó a ofrecer más datos sobre la detención ayer en Barcelona del dirigente de ETA, Felipe San Epifanio, "Pipe", debido a "la reserva de la investigación".

Garzón señaló que "lo mejor es hacer una refleión cuando se tenga el ánimo sereno" y añadió que la política antiterrorista del Gobierno "lleva mucho tiempo aplicándose, de acuerdo a todos los grupos que integran el Pacto de Ajuria Enea. Creo que para cualquier modificación hay que hacer una reflexión más profunda".