Greenpeace considera que Antonio Aragón está desarrollando una serie de actividades, entre las que cita reuniones con grupos políticos, cartas a ayuntamientos y declaraciones en la prensa, que, según la organización ecologista, no están contempladas entre las funciones que la Ley de Aguas de 1985 otorga a las confederaciones hidrográficas.

Asimismo, los conservacionistas han denunciado la "enorme diferencia en el trato que están recibiendo los técnicos medioambintales de la Administración central, con respecto al que reciben los técnicos de obras hidráulicas en todo lo relacionado con las obras de Itoiz".

En el escrito que ha remitido a José Borrell, Greenpeace recuerda que un ex subdirector del Icona, Juan Manuel de Benito, fue cesado recientemente de ese cargo "por el mero hecho de firmar un informe técnico en el que se desaconseja la construcción de Itoiz".

También constata que el propio Ministerio de Obras Públicas, Transportes y Medio Ambiente corrgió unas declaraciones de la secretaria de Estado de Medio Ambiente y Vivienda, Cristina Narbona, en las que hacía referencia a algunas irregularidades detectadas en las evaluaciones de impacto ambiental realizadas sobre el proyecto del embalse de Itoiz, que contrastaban con las opiniones favorables al embalse emitidas por los técnicos de Obras Hidráulicas del mismo departamento.

Para Juan López de Uralde, portavoz de Greenpeace, "con el diferente trato que reciben en la Administración central los técicos medioambientales, con respecto a los constructores de pantanos, el ministerio sigue favoreciendo las grandes obras públicas de gran impacto ambiental frente a la defensa del medio ambiente".