La primera autorización, por valor de 1.269.220 euros, está destinada a dar cobertura a los gastos corrientes del Plan, mientras que la otra, de 98.427.041 euros, tiene como objetivo financiar los gastos de inversión del mismo.

La Consejería canaria de Educación y las dos universidades canarias acordaron la reedición de la fórmula de los Contratos Programa, como instrumento de articulación consensuada de las relaciones entre las instituciones y de la financiación del sistema universitario.

El Gobierno de Canarias plantea, de esta forma, el marco del Pacto por la Calidad en la Educación Superior, cuyo objetivo "pasa por lograr que las universidades alcancen el nivel de competividad y liderazgo en el desarrollo de la sociedad del conocimiento" que permita "la Convergencia en el Espacio Europeo de Educación Superior con garantía de calidad".

El Plan de Financiación de las Universidades Canarias 2009/2013 se articula en función de una financiación básica, para cubrir las actividades de docencia e investigación; una financiación por objetivos, dirigida a incentivar mejoras en las áreas estratégicas de docencia, investigación y desarrollo de impacto social; y la financiación de acciones especiales de mejora de la calidad docente e investigadora.

Esta última recoge la dotación de recursos asignados a cada una de las universidades durante el periodo de vigencia del Contrato Programa.

También persigue la financiación para inversiones en infraestructuras, que permita abordar un plan de rehabilitación, adecuación y mantenimiento de las instalaciones existentes y un plan de creación, sustitución y construcción de otras nuevas.