A los honras fúnebres asistió, junto a toda la cúpula militar, el ministro de Defensa, Julián García Vargas, además del director general de la Guardia Civil, Ferran Cardenal. Los restos mortales del general recibieron sepultura posteriormente en el cementerio de la Almudena, en un acto íntimo familiar.

Frent al féretro estaban situados los siete hijos y la madre de la última víctima de ETA. Junto al ministro de Defensa estaban los jefes del Estado Mayor de la Defensa y en frente autoridades civiles, entre ellas el presidente de la Comunidad de Madrid, Joaquín Leguina.

El arzobispo castrense, monseñor José Manuel Estepa, pronunció en el funeral palabras de aliento a los familiares del general Hernández. Por su parte, García Vargas depositó sobre el féretro la Gran Cruz del Mérito Militar.

Estepa hizouna llamada a la esperanza, aunque afirmó que "es lógico que las reiteradas heridas resulten demasiado sangrantes para los ciudadanos" y que las pretensiones de unos pocos de imponer sus "proyectos de muerte" hagan mella en el pueblo español.