La directiva también regula la calidad de vida de este tipo de ganadería y prohíbe las actividades que provoquen estrés, enfermedades o sufrimiento al ganado durante la crianza, transporte y sacrificio de las reses.

Asimismo, según la directiva, en la producción de la ganadería ecológica no podrán utilizarse más de dos o tres tratamientos alopáticos (medicamentos convencionales) por animal, y sólo uno cuando sean menores de un año. Rebasado ese límite, el trataminto será homeopático o fitoterapéutico (con plantas o sustancias vegetales).