Buesa, en declaraciones a la Cadena SER, se ha mostrado contrario a abrir una investigación sobre las actividades en el cuartel de la Guardia Civil en Intxaurrondo "porque eso supone extender la sospecha de un modo generalizado a cualquier institución". Para Buesa "se hace mucho daño a la causa de la paz en el País Vasco" cuando se realizan acusaciones basadas en simples sopechas.

Fernando Buesa ha recordado que "los asuntos del GAL, por muy condenables que sean, son asuntos que acabaron hace diez años" y ha añadido que su preocupación "es el terrorismo que tenemos delante, el de ETA y el de KAS y ningún otro", por lo que pide "que no se hable de problemas que se erradicaron hace tiempo".

El dirigente socialista ha pedido también que sea la justicia la que actúe porque "no se puede poner en cuestión la carrera de una persona con maledicencias sin fundamento" como ls que, a su juicio, están publicando algunos medios de comunicación.