Com ya ha manifestado en anteriores ocasiones, el fiscal encargado del caso, Pedro Rubira, considera que la jurisdicción española no es competente para investigar estos hechos.

Asimismo, el departamento de Fungairiño, que se ha caracterizado por su continua oposición a investigar los sumarios sobre los desaparecidos en las dictaduras militares de Chile y Argentina, considera que los hechos que instruye Garzón ya han sido o están siendo investigados en los mencionados países.

Este caso comenzó en 199, cuando el juez de la Audiencia Nacional Manuel García Castellón admitió a trámite la querella presentada por la Unión Progresista de Fiscales (UPF) contra Pinochet y otros mandatarios de las Fuerzas Armadas y de Seguridad de Chile por un presunto delito de genocidio cometido durante la dictadura, concretamente, por la desaparición asesinato de 4.000 personas.

Posteriormente, en 1998, Garzón se hizo cargo del caso, después de que García Castellón decidiera abandonar la investigación e inhibirse a favr del titular del Juzgado Central de Instrucción número 5, quien investigaba las desapariciones y asesinatos perpetrados en la dictadura de Argentina. Ambas causas se unificaron al tener nexos comunes, como la denominada "Operación Cóndor".