Al nombrarle nuevo Fiscal Jefe de la Audiencia Nacional, el Gobierno desoye la recomendacin del Consejo Fiscal, que le considera inadecuado por no haber ocupado el cargo de Fiscal de Sala antes de su nombramiento.

Sin embargo, Fungairiño cuenta con una amplia experiencia en la investigación de delitos terroristas perpetrados por ETA, GRAPO, Terra Lliure y Comandos Autónomos Anticapitalistas, en varios de cuyos sumarios participó.

Tras ser encargado en 1981 de la inspeción del sumario del síndrome tóxico, se ocupó del despacho de extradiciones pasivas, activas y comisiones rogatorias iternacionales, a la vez que las simultaneaba con asuntos de terrorismo, estafas masivas y tráfico de estupefacientes.

Entre los sumarios antiterroristas en los que ha participados se encuentra el de Hipercor, el del atentado a la refinería de Empetrol en Barcelona y los seguidos por varios asesinatos perpetrados por los "comandos" Barcelona, Nafarroa y Madrid, de ETA.

Investigó el asesinato del comandante Ynestrillas, el atentado frustrado contra el presidente del Tribunal Supremo Antonio Hernándz Gil y la muerte de guardias civiles en la calle príncipe de Vergara y en la plaza de la República Dominicana.

También trató una parte importante de los sumarios por asesinatos atribuidos a Henri Parot en Madrid, Barcelona y Sevilla, así como la desarticulación de los "comandos" robacoches de ETA, en 1988 y 1993.

Antes de desempeñar su labor en la Audiencia Nacional desde 1980, fue abogado fiscal en la Audiencia Provincial de Barcelona durante siete años.