Esta institución ocupa dos parcelas correspondientes a los números 14 y 16 del paseo General Martínez Campos, que cuentan con una superficie de 1.660 metros cuadrados y 405 metros cuadrados, respectivamente, y en su día constituyeron la casa original de Francisco Giner de los Ríos y la Institución Libre de Enseñanza.

Con el Plan Especial aprobado hoy se permitirá aumentar la edificabilidad existente de 1.509 m2 hasta alcanzar los 3.125 m2 sobre rasante y 2.764 m2 bajo rasante. El plan establece también la rehabilitación y actualización de la casa de Giner de los Ríos, protegido con nivel 3, y el pabellón Macpherson.

En 2004 la Fundación Giner de los Ríos convocó un concurso para la reforma y ampliación del centro que fue ganado por los arquitectos Cristina Díaz y Efrén García. El Plan Especial aprobado hoy será sometido a un mes de información pública tras su publicación en el Boletín Oficial de la Comunidad de Madrid.