El secretario general de la asociación, Juan José Tamayo, cree que la Iglesa debe pedir perdón y hacer público el arrepentimiento por adoptar esa actitud durante la dictadura, "es la asignatura pendiente mas importante de la Iglesia de todo el siglo XX".

Tamayo sostiene que la Guerra Civil fue el acontecimiento más distorsionador de la convivencia entre los españoles, "y al tomar partido la Iglesia por uno de los bandos, al legitimar la dictadura de los vencedores, es responsable y culpable de echar leña al fuego y de atizar la reconciliación".

Según la Asociación de Telogos Juan XXIII, los obispos españoles nunca solicitaron perdón por "tomar partido en favor de los sublevados y en contra del régimen democrático y el Gobierno legítimamente elegido por voluntad popular que había en aquella época".

En este sentido, el secretario general de la asociación asegura que en la asamblea conjunta de obispos y sacerdotes que se celebró en septiembre de 1971 no prosperó una propuesta que instaba a la Iglesia a pedir perdón, pese a que fue apoyada por una mayoría de los asistenes, puesto que eran necesarios dos tercios de los votos para su aprobación.

Para Tamayo, la actitud complaciente de la jerarquía eclesiástica hacia el bando vencedor se mantuvo durante la dictadura, a pesar de que en los últimos años del franquismo hubo intentos de distanciamiento.