El fiscal Ignacio Gordillo sostiene que Garaboa es miembro de los Grapo desde 1998 y asegura que se convirtió en el máximo responsable de la comisión de organización de la banda, "asumiendo el mando de las células clandestinas operativas en el interior de España".

Según el escrito del fiscal, en el registro del piso en el que Garaboa vivió en 2002 en Valladolid, del que tuvo que huir precipitadamente tras la detención de varios miembros de los Grapo, se encontraron documentos de identidad falsificados, así como huellas de los terroristas Yolanda Fernández, Lucio García, Ignacio Varela y Marcos Regueira, todos ellos condenados por la Audiencia Nacional.

Garaboa fue detenido el 30 de mayo de 2005 en Port Bou (Gerona) cuando viajaba en tren desde Montpellier hacia Barcelona. Se le requisaron diez documentos de identidad falsos, documentación interna de los Grapo y planchas para editar la revista "Resistencia".