Fuentes de la Fiscalía señalaron que, como primera medida, el departamento dirigido por el fiscal jefe Javier Zaragozapedirá que sea el Pleno de la Sala de lo Penal, y no una Sección, quien estudie su recurso, al entender que la causa tiene "suficiente entidad y dimensión".

Si finalmente el pleno desestima el recurso y da la razón al magistrado, la Fiscalía recurrirá de nuevo la decisión de Garzón pero esta vez ante la Sala de lo Penal del Tribunal Supremo.

El Ministerio Público basará su recurso en tres argumentos principales. Por un lado, defenderá que la iniciativa de exhumar e identificar a las víctimas de la Guerra Civil y de la dictadura corresponde en realidad al Gobierno y a las comunidades autónomas y no a los tribunales de justicia en virtud de la Ley de Memória Histórica.

Por otro, argumentará que los crímenes de la contienda no pueden entenderse como delitos contra la humanidad porque esa figura no se incorporó al derecho penal internacional hasta los juicios de Nuremberg (Alemania), celebrados a partir de 1945 contra los dirigentes de régimen nazi, y por lo tanto no puede ser aplicada con carácter retroactivo.

Además, al entender que no se trata de delitos de crímenes contra la humanidad sino de delitos comunes, la Fiscalía defiende que, en todo caso, su conocimiento correspondería individualmente a los tribunales territoriales y no a la Audiencia Nacional.

Por último, el departamento dirigido por el fiscal Zaragoza considera, en contra de lo argumentado por Garzón, que estos delitos habrían prescrito al amparo de la Ley de Amnistía de 1977.

En este sentido, las fuentes consultadas explicaron que, a diferencia de las leyes de impunidad de Argentina o Chile, la Ley de Amnistía fue dictada por unas cortes democráticas y por lo tanto es plenamente válida.