En declaraciones a la Ser, Flores apuntó que "en la investigación se está trabajando con absoluta independencia", y añadió que "aceptará humildemente la resolución del Tribunal Superior de Justicia de Andalucía en relación al suuesto uso fraudulento por Juan Guerra del despacho que su hermano Alfonso tenía en la Delegación de Gobierno andaluz".

Por su parte, el titular del Juzgado de Instrucción número seis de Sevilla, Angel Márquez, encargado de las diligencias del "caso Juan Guerra", declaró que no le preocupan estas afirmaciones del fiscal y que cerrará la investigación "cuando lo considere oportuno".

Asimismo, Márquez apuntó que "en la actualidad existen algunas líneas del caso que están a punto de cerrarse" y dijo ue si Flores considera necesaria la apertura de un juicio oral debería solicitarlo por escrito y no a través de los medios de comunicación.